Ngôi chùa cổ nhất giữa biển khơi
Vào giữa thế kỉ XVIII, một trận hoả hoạn đã thiêu rụi chùa, làm cháy hết các tượng phật cổ bằng gỗ. Lần khuất theo năm tháng chiến tranh, nay chùa chỉ còn 7 tượng Quan âm bằng đồng. Dấu tích của những tượng phật bị cháy vẫn còn giữ nguyên vẹn cho đến hôm nay.
Sự tích khai lập chùa
Theo ông Đỗ Kim Long, 67 tuổi, trưởng ban Quản lí Khu di tích Quốc gia chùa Linh Quang, có nhiều giả thuyết cho rằng chùa Linh Quang được thành lập từ cuối thế kỉ XVII, đầu thế kỉ XVIII do Thiền sư Nguyễn Văn Cánh khai sáng. Đây là ngôi chùa cổ nhất tỉnh Bình Thuận và cũng là ngôi chùa cổ có tuổi cao trên tất cả các hòn đảo của Việt Nam .
Thuở sơ khai, chùa Linh Quang chỉ là một tiểu am nằm trầm mặc trên đồi hoang vắng. Chùa có 3 bộ kinh kệ với 13 tượng phật Quan âm bằng đồng; một tượng phật Thích Ca bằng gỗ; 10 cỗ bồng bằng sứ; 10 cỗ bồng bằng sành; 19 đĩa sứ, 19 chén sứ.
Sau khi ngôi chùa bị cháy, nhân dân trên đảo Phú Quý tỏ lòng thành kính và đã bỏ công sức, của cải xây dựng lại chùa.
Đang trong quá trình xây dựng, bất ngờ tại hòn Tranh, một hòn đảo nhỏ cách đảo Phú Quý chừng 2 hải lí về phía đông nam, bỗng xuất hiện một Linh thạch (tảng đá thần) cứ vào ngày lành tháng tốt lại nổi lên, sau đó lại biến mất. Ngư dân trên đảo phát hiện và cho rằng đó là "tảng đá thần".Sau khi Nguyễn Ánh bị quân Tây Sơn, Nguyễn Huệ truy đuổi và thất trận đã bôn ba đến đảo Phú Quý và chọn ngôi chùa Linh Quang làm nơi thiền ngụ. Tại đây, Nguyễn Ánh (xưng Vương là Gia Long) đã xây dựng lại chùa khang trang và xoay hướng ngôi chùa này theo hướng "tọa chấn hướng đoài" như trong bát quái.
Huyền thoại linh thiêng
Các ngư dân đã bơi thuyền sang hòn Tranh lấy đá thần về xây chùa, tạc tượng để tôn thờ. Từ đó sự tích phật "Thiên Sanh" hình thành tại chùa, được tồn tại và lưu truyền trên đảo cho đến hôm nay.
Trong chùa Linh Quang hiện còn lưu giữ một chiếc "đại đồng chung" (chuông). Chuông quý này được hoà thượng Huệ Đạo đúc tại chùa Trà Cang (Ninh Thuận) vào năm 1795. Các họa tiết hoa văn và những dòng chữ ghi lại ấn tích trên quả chuông cho thấy nó được đúc rất công phu.
Trong chùa còn có một chiếc trống da, có tên là trống Bát Nhã. Thân trống là một khúc gỗ sao tròn liền thân, đường kính rộng gần 1m mà không ghép.
Những báu vật còn lưu giữ
Trong khi lúc đó công nghệ đúc đồng chưa hề phổ biến ở miền Trung thì việc hoà thượng Huệ Đạo đem ra đảo tặng quả chuông này cho chùa Linh Quang là một sự ngưỡng mộ rất lớn đối với ngôi chùa này. Dù nhỏ nhưng theo vị trụ trì, nó có tiếng kêu vang đến mức cả làng ven biển đều nghe rõ khi đêm tĩnh lặng.
Điều đó cho thấy sự kì công của hoà thượng Quảng Thành, người làm ra nó từ đầu thế kỉ XVIII, công phu để lại một tác phẩm nghệ thuật có giá trị cho Linh Quang tự, sau đó ông vào trụ trì ngôi chùa ở núi Tà Cú trong đất liền.